Met de komst van de Reformatie moesten de rooms-katholieken ondergronds. Zeeland werd een ‘missiegebied’ met slechts weinig priesters.
In de 17e eeuw verslapte de naleving van de beperkende maatregelen tegen de katholieken. De katholieken kregen de vrijheid om priesters aan te stellen en kerkruimten in te richten, zij het op verborgen plaatsen (schuilkerken). In het kader van de zogenoemde Hollandse Zending, met als onderdeel daarvan de ‘Zeeuwse Missie’, werden op alle Zeeuwse eilanden vaste priesters benoemd. De priesters moesten hun werk onder zeer moeilijke omstandigheden doen. In het midden van de 17e eeuw ontstond in Goes een schuilkerk. Ook in andere plaatsen in Zeeland werden schuilkerken gebouwd, die oogluikend werden toegestaan.
Zeeuws-Vlaanderen
De situatie in Staats-Vlaanderen (het huidige Zeeuws-Vlaanderen) was als volgt. De bisschop van Gent, onder wie het oostelijk deel van Staats-Vlaanderen viel, had grote invloed en herstelde met succes de katholieke kerk. Maar vanaf de tweede helft van de 17e eeuw moesten de rooms-katholieke gelovigen uitwijken naar de zuidelijke Nederlanden (het huidige België) of ze hielden in het geheim hun bijeenkomsten in schuurkerken. In het begin van de 18e eeuw waren er in het oosten van Staats-Vlaanderen zes staties (standplaatsen van een priester) met schuurkerken te Axel, Boschkapelle, Groenendijk, Hulst, Koewacht en Lamswaarde.
Het westelijk deel van Staats-Vlaanderen viel onder het bisdom Brugge en had het veel moeilijker. Omdat de uitoefening van hun godsdienst onmogelijk was, trokken vele katholieken naar elders. Protestantse vluchtelingen vestigden zich massaal in dit gebied. Vanaf het begin van de 17e eeuw vestigden zich langzamerhand weer katholieken in deze contreien, hetgeen ertoe leidde dat er in de 18e eeuw verschillende staties werden gesticht, waaronder in Sluis en IJzendijke.
Bisdom Haarlem en bisdom Breda
In 1853 vond het herstel van de pauselijke hiërarchie in Nederland plaats. Er werden nieuwe bisdommen opgericht en katholieke functionarissen aangesteld. De Zeeuwse eilanden werden ingedeeld bij het bisdom Haarlem en Zeeuws-Vlaanderen bij het bisdom Breda. Vanaf 1956 valt heel Zeeland onder het bisdom Breda. De eerste ‘echte’ rooms-katholieke kerkgebouwen verrezen voornamelijk aan het einde van de 18e en het begin van de 19e eeuw.