Het Zeeuws Archief is gehuisvest in een combinatie van oud én nieuw. In een 18e-eeuws stadspaleis én in een modern gebouw naar ontwerp van architectenbureau Benthem-Crouwel. In 2000 gingen de deuren voor het publiek open.
Nadat de rechtbank in 1995 het Van de Perrehuis had verlaten werd het gebouw aangewezen tot huisvesting van een nieuwe organisatie: het Zeeuws Archief. Het Zeeuws Archief is een fusie tussen drie archiefdiensten: het Rijksarchief in Zeeland en de gemeentearchieven van Middelburg en Veere.
Het oude Van de Perrehuis ging plaats bieden aan de kantoren, voor de beoogde publieksruimten en depots werd opdracht gegeven tot nieuwbouw. Een architectencombinatie bestaande uit de architectenbureau’s Verlaan & Bouwstra uit Vianen en Benthem-Crouwel uit Amsterdam tekenden voor respectievelijk de restauratie van het historische Van de Perrehuis en de nieuwbouw. Hoofdaannemer werd de HBG. De coördinatie van de bouw was in handen van de Rijksgebouwendienst, nu Rijksvastgoedbedrijf.
Nieuwbouw
Naast het Van de Perrehuis verrees de nieuwe vleugel. Hier liggen ondergronds drie depots voor de opslag van de archieven. Daarboven bevinden zich de publieksfuncties: studiezaal, receptie, archiefcafé en auditorium.
Voor de bouw van de drie depots werd een 13 meter diepe bouwput gegraven. De eerste bouwhandeling vond plaats op 3 maart 1998 en op 14 juli werd het diepste punt bereikt. Onderin de nog met grondwater gevulde bouwput werd in één keer een meter dikke bodem gestort. Dit vergde 1.500 kubieke meter beton waarvoor 167 betonauto’s van ’s morgens 04.00 uur tot 03.00 uur ’s nachts af en aan reden.
Hierna werd een bouwkraan geplaatst voor de aan- en afvoer van alle bouwmaterialen. Tientallen betonvlechters, -storters en andere bouwvakkers begonnen met de bouw van depotmuren, pilaren en tussenvloeren. Stukje bij beetje kwam het ondergrondse complex uit de diepe put omhoog. Toen de vloer van het bovenste, derde depot was gestort, lag de depotkubus nog net enige meters onder het maaiveld.
Terwijl de depots in een functionele rechthoek werden ondergebracht, kregen de publieksruimten onderdak in een driehoekige bouwvorm. De poort van de oude brouwerij de Dry Tonnekens werd de ingang van het Zeeuws Archief. De oplevering van het gehele complex, Van de Perrehuis en nieuwe vleugel, kwam in september 1999. In 2000 volgde de feestelijke opening van het Zeeuws Archief.